Bioinformática: un enfoque en el Proteoma

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Este manual pretende que los alumnos adquieran una visión general sobre las aplicaciones bioinformáticas comúnmente utilizados en el diseño de las proteínas y los fundamentos que las soportan. El objetivo esencial es que los alumnos utilicen estas herramientas para el estudio de estructuras biológicas, modelado de proteínas y simulación de procesos, sirviendo como apoyo a los planes de estudio en el área de ciencias biológicas. Se introduce al manejo de las herramientas bioinformáticas mediante prácticas dirigidas con ejemplos concretos, contemplando un abanico de bases de datos para el análisis del proteoma. El manual consta de 13 prácticas con material gráfico que guiarán paso a paso y de manera eficiente para un aprendizaje significativo.
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Este manual pretende que los alumnos adquieran una visión general sobre las aplicaciones bioinformáticas comúnmente utilizados en el diseño de las proteínas y los fundamentos que las soportan. El objetivo esencial es que los alumnos utilicen estas herramientas para el estudio de estructuras biológicas, modelado de proteínas y simulación de procesos, sirviendo como apoyo a los planes de estudio en el área de ciencias biológicas. Se introduce al manejo de las herramientas bioinformáticas mediante prácticas dirigidas con ejemplos concretos, contemplando un abanico de bases de datos para el análisis del proteoma. El manual consta de 13 prácticas con material gráfico que guiarán paso a paso y de manera eficiente para un aprendizaje significativo.

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5. Introducción
7. Práctica I. Uso de las bases de datos bioinformáticas NCBI
11. Práctica 2. Comparación de secuencias de aminoácidos BLAST
21. Práctica 3. Comparación de secuencias de aminoácidos T-Coffe
25. Práctica 4. Del gen a la proteína ExPASy
31. Práctica 5. Predicción de las propiedades fisicoquímicas Protparam/Uniprot
37. Práctica 6. Modificaciones postraduccionales Motif Scan
43. Práctica 7. Búsqueda de dominios funcionales InterPro
49. Práctica 8. Diseño, predicción y comparación de estructura secundaria de proteínas PSIPRED
55. Práctica 9. Modelado por homología: estructura terciaria SWISS-MODEL
59. Práctica 10. Identificación de motivos conservados en secuencias de proteínas MEME suit
69. Práctica 11. Predicción de la ubicación subcelular de las proteínas PSORT/PSORTII
75. Práctica 12. Acoplamiento molecular (docking) PyRx
81. Práctica 13. Visualización de los complejos obtenidos por los estudios de acoplamiento molecular PyMOL
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5. Introducción

7. Práctica I. Uso de las bases de datos bioinformáticas NCBI

11. Práctica 2. Comparación de secuencias de aminoácidos BLAST

21. Práctica 3. Comparación de secuencias de aminoácidos T-Coffe

25. Práctica 4. Del gen a la proteína ExPASy

31. Práctica 5. Predicción de las propiedades fisicoquímicas Protparam/Uniprot

37. Práctica 6. Modificaciones postraduccionales Motif Scan

43. Práctica 7. Búsqueda de dominios funcionales InterPro

49. Práctica 8. Diseño, predicción y comparación de estructura secundaria de proteínas PSIPRED

55. Práctica 9. Modelado por homología: estructura terciaria SWISS-MODEL

59. Práctica 10. Identificación de motivos conservados en secuencias de proteínas MEME suit

69. Práctica 11. Predicción de la ubicación subcelular de las proteínas PSORT/PSORTII

75. Práctica 12. Acoplamiento molecular (docking) PyRx

81. Práctica 13. Visualización de los complejos obtenidos por los estudios de acoplamiento molecular PyMOL